Comenzó a funcionar el 16 de agosto de 1939 como Escuela de Ciencias Económicas, dependiente de la ex Facultad de Ciencias. El 29 de noviembre de 1945 la Asamblea Universitaria la elevó a jerarquía de Facultad, estableciendo que otorgaría los títulos de: Contador Público Nacional y Perito Partidor y el de Doctor en Ciencias Económicas. 

Académicamente creció muy rápido, y pocos años después de su iniciación ganó un alto prestigio nacional entre sus pares. Tiene además el orgullo de haber contado a lo largo de su historia con verdaderos maestros, excelentes investigadores, y con egresados de primer nivel, reconocidos y demandados nacional e internacionalmente desde organismos gubernamentales e instituciones bancarias, comerciales e industriales de alta jerarquía.

Por la acción de todos ellos se puede afirmar que la Facultad de Ciencias Económicas de la Universidad Nacional de Cuyo ha brindado a la Región y al País valiosos recursos humanos, y ha contribuido eficazmente con la Provincia de Mendoza mediante importantes investigaciones y múltiples tareas de extensión.

La Facultad tiene dos sedes: la Central en el Centro Universitario, y una Delegación en la ciudad de San Rafael, al sur de la provincia de Mendoza. En la sede central, la Facultad cuenta con un complejo edilicio de tres cuerpos: el edificio de Enseñanza, el de Gobierno y el de los Anfiteatros.